ในปี 1244 หลุยส์ที่ 9 ป่วยหนักและได้ปฏิญาณตนเข้ารับการปฏิบัติหน้าที่ต่อกางเขนศักดิ์สิทธิ์ด้วยพระองค์เอง พระองค์เข้ารับธง สายสะพาย และคณะผู้แสวงบุญที่แซ็งต์เดอนี และได้ขอให้สมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 4 พระราชทารพรให้แก่พระองค์ พระเจ้าหลุยส์และคณะอัศวินครูเสดเดินทางถึงไซปรัสในเดือนกันยายน ค.ศ. 1248 และถึงอียิปต์ในฤดูใบไม้ผลิ ค.ศ. 1249 ดาเมียตตาถูกยึดในวันที่ 6 มิถุนายน พระเจ้าหลุยส์เคลื่อนพลไปถึงมันซูรา แต่กองทัพของอัศวินครูเสดอ่อนแอลงเนื่องจากความขัดแย้งและความไม่สงบภายใน

ขณะกำลังถอยทัพกลับดาเมียตตา กลุ่มแซ-ระเซ็นจับตัวหลุยส์ที่ 9 ได้ทำให้พระองค์ตกเป็นนักโทษ กษัตริย์จ่ายเงินก้อนโตจึงได้รับการปล่อยตัวกลับดาเมียตตา ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1250 พระเจ้าหลุยส์ล่องเรือออกจากอียิปต์ แต่ยังคงอยู่ในซีเรียเป็นเวลา 4 ปี ตั้งแต่ ค.ศ. 1250 ถึง ค.ศ. 1254 เพื่อรออัศวินครูเสดกลุ่มใหม่ พระเจ้าหลุยส์ให้การสนับสนุนชาวคริสต์ในปาเลสไตน์ ทรงสร้างความสัมพันธ์อันดีกับกษัตริย์เอเชีย เสริมความแข็งแกร่งให้ยัฟฟา เซซาเรีย และไซดอน หลังได้รู้ข่าวการสิ้นพระชนม์ของพระราชมารดา หลุยส์ที่ 9 เดินทางกลับฝรั่งเศสหลังจากไปเป็นเวลาหกปีและมุ่งมั่นที่จะบริหารบ้านเมือง